本中心董事長、董事及監事均由監督機關 (文化部) 遴選提請行政院院長聘任，任期為四年。所設董事會，置董事十一人至十五人；監事會，置監事三人至五人，常務監事由監事互選產生。
依據本中心設置條例及組織章程所定，董事長對內綜理本中心一切事務，對外代表本中心；董事會為本中心行政審議機制，並由董事長綜理行政協調事務，提供藝術總監專業治理之必要資源與行政協助。
各場館置藝術總監一人，由董事長提請董事會通過後聘任，受董事會之督導，綜理各場館業務，對外代表所屬場館；附設團隊置音樂總監一人，由董事會遴選延聘國內外知名指揮擔任。
